ประวัติโรงเรียน
อัครสังฆมณฑลท่าแร่-หนองแสง ตระหนักในพันธกิจของการให้การศึกษาอบรมแก่เด็กและเยาวชนจึงได้จัดตั้งโรงเรียนขึ้นเป็นครั้งแรกในเดือนพฤษภาคม ค.ศ.1939 (พ.ศ.2482) ภายใต้ชื่อ “โรงเรียนเซนต์ยอแซฟ” ตั้งอยู่ที่ถนนสกลนคร-นครพนมในเขตสุขาภิบาลท่าแร่ ตำบลท่าแร่ อำเภอเมือง จังหวัดสกลนคร ดำเนินการสอนตามหลักสูตรของกระทรวงศึกษาธิการ โดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อให้การศึกษาอบรมเยาวชนให้เป็นผู้มีความรู้ความสามารถในวิชาการที่ทันสมัย และมีคุณธรรมอันดีงาม ตามแนวทางการศึกษาคาทอลิก ซึ่งถือเป็นจุดเริ่มต้นของการให้บริการด้านการศึกษา และนำไปสู่การเปิดโรงเรียนแห่งอื่นๆ อีกหลายโรงในเวลาต่อมา
ในปี ค.ศ. 1989 (พ.ศ.2532) บาทหลวงจำเนียร สันติสุขนิรันดร์ ผู้แทนอัครสังฆมลท่าแร่ หนองแสงได้ขออนุญาตจัดตั้งโรงเรียนขึ้นที่เลขที่ 72 ถนนชางกรู อำเภอเมือง จังหวัดมุกดาหาร บนพื้นที่ 10 ไร่ 3 งาน 18 ตารางวา โดยใช้ชื่อว่า “โรงเรียนมารีย์นุเคราะห์” ซึ่งเดิมเป็นโรงเรียนของวัดคาทอลิกบ้านจันทร์เพ็ญ ตำบลเต่างอย กิ่งอำเภอเต่างอย จังหวัดสกลนคร ที่ขอปิดชั่วคราว เนื่องจากขาดบุคลากรในการบริหารงานและได้รับอนุญาตให้จัดตั้งโรงเรียนในวันที่ 13 กันยายน พ.ศ. 2532 และได้ขออนุญาตเปลี่ยนชื่อโรงเรียนจากโรงเรียนมารีย์นุเคราะห์เป็น “ โรงเรียนเซนต์ยอแซฟมุกดาหาร” โดยมี มุขนายกคายน์ แสนพลอ่อน ประมุขอัครสังฆมณฑลท่าแร่-หนองแสง เป็นผู้รับใบอนุญาต เพื่อให้สอดคล้องกับโรงเรียนในเครือเดียวกันโดยได้รับอนุญาตเมื่อวันที่ 14 เดือน มีนาคม พ.ศ. 2534
ประวัติการก่อสร้างอาคารเรียน
ปี พ.ศ. 2533 เริ่มก่อสร้างอาคารเรียนหลังแรกเป็นอาคารคอนกรีตเสริมเหล็ก 4 ชั้น จำนวน 25 ห้องเรียนแล้วเสร็จในปี พ.ศ. 2535 ชื่อตึกเซนต์ยอแซฟใช้เป็นห้องเรียนนักเรียนระดับอนุบาลในชั้นที่ 1 ส่วนชั้นที่ 2 ถึง 4 ใช้เป็นห้องเรียนระดับประถมและห้องประกอบการ
ปี พ.ศ. 2538 โรงเรียนได้ก่อสร้างบ้านพักซิสเตอร์ – คณะผู้บริหารและโรงครัว เป็นลักษณะบ้านไม้ 2 ชั้น และได้ปรับปรุงสถานที่โดยการก่อสร้างกำแพงรอบบริเวณโรงเรียน
ในปี พ.ศ. 2539 มีการขยายชั้นเรียนถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6 บาทหลวงขวัญ ถิ่นวัลย์ ผู้แทนผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการได้ขออนุญาตก่อสร้างอาคารเรียน คสล. 3 ชั้น ชื่อตึกว่า “HOLY FAMILY” เปิดใช้เมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน พ.ศ.2540 เพื่อใช้เป็นอาคารเรียน นักเรียนอนุบาล ส่วนชั้นที่ 3 ใช้เป็นห้องพักผู้บริหาร ห้องพักนักเรียนประจำและห้องประกอบการ
ปี พ.ศ. 2548 โรงเรียนได้ก่อสร้างบ้านพักซิสเตอร์ โรงครัวและบ้านพักพนักงานเป็นบ้านคอนกรีตเสริมเหล็ก 2 ชั้น
ปี พ.ศ. 2549 โรงเรียนได้ทำการก่อสร้างอาคารเรียนคอนกรีตเสริมเหล็ก 4 ชั้นหลังใหม่ โดย บาทหลวงพงษ์อนันต์ นามจันโท ผู้แทนผู้รับใบอนุญาตและผู้จัดการเป็นผู้ริเริ่มโครงการ และ บาทหลวงสุรศักดิ์ พงษ์พิศ เป็นผู้สานงานต่อ โดยใช้ชื่อตึกว่า “อาคารเซนต์ดอมินิก” สำหรับนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 – 6 ได้ขออนุญาตก่อสร้าง แล้วเสร็จ พ.ศ. 2551 และเปิดใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552